ceappmgr.exe を使う

まず、iniファイルを作ります。ceappmgr.exe の引数に、その ini ファイルを使います。
http://www.microsoft.com/japan/windows/embedded/ce/developer/applications/appdevelopment/appinstall30.asp
あたりを参照。ウェブにしては長大な文章ですが CeAppMgr.exe で検索してやれば、あたりはつけられます。

あと、パスを見つけます。
HKLM\Microsoft\Windows\CurrentVersion\App Paths\CEAPPMGR.EXE にありました。