ClickOnce

配布先の層が、そういう細かい設定をしなさそうなら、むしろ、ワンクリックでインストールできるし、ネット経由でバージョンアップのチェックまでできるしで、いいかも知れません。
でも、メニューのフォルダ作成、同梱するファイル等を指定する等といった細かい設定は全くできません。
よって、かなり軽いモノなら、ClickOnceを検討していいかも知れませんが、ちょっと複雑になったら、使えないと感じました。