Google Maps 上に出してみると失敗した

写真の赤線が、Mapserverで出した国土数値情報(行政区画データ)。画像ごとに外枠とつけて、中心点に十字をつけ、国土数値情報で「所属地未定」になっているところを塗りつぶしています。下図にあるのは Google Maps が出しているゼンリンさんの地図です。
横のタイルとはきっちりつながっていて、縦でズレが生じています。
じっと見てると、人工島等の縦横比が違います。投影法が違うということなのでしょうか。メルカトルのWGS84でやってるつもりなんですけど…。