しかし順序は4000番台だけ変わらない

さらにつづき。
数値記述順はEPSGコードごとに定められている通りでない場合があります。
EPSG:4326など4000番台です。
本来なら、lat,lonの順なんですが、4000番台だけは従来通りのlon,latの順です。バグではなく意図的になされています。