無理にMapScripに手を染めなくて済むならそれに越したことはないと思う

MapScriptまつりにブックマークしてくださっている id:llatzhar さんに、無理に絡み付いてみると、どういう立ち位置かを存じないまま言ってるのでアレなんですが、基本的にMapScriptは、XMLでDOMを使うみたいなもので、マップファイルをいじった方が学習しやすいと思います。ほとんどマップファイルで事足りるかも知れません。
少なくとも私の場合、先にマップファイルで書いて確認したうえで、それをMapScriptでなぞる、というかんじでやります。
もしご存知で「からみつくなうっとおしい」と思っても、それを声に出して言うべきではありません:-)*1
投影法を任意に指定したいのでリクエストを受けるたびに無理にマップファイルを書くCGIを作ってみたり、HTTPパラメータで挙動が切り替わるものについて、フロントエンド的にPHPを使ってみたり、といった、何やってんだよそれ、と突っ込まれそうな場合に、すっきりさせる効果があると思います(まだスクリプト書いてないので断定は避けます)。

*1:本気で他人様の口を閉じさせるつもりではありません